Algunos de los factores que definen los modelos de organización más comunes de e-commerce son: la madurez del negocio en línea, la coexistencia de canales físicos y la prioridad estratégica en el contexto de toda la empresa.

De esta manera, hay una serie de elementos que varían dependiendo si una organización tiene negocio offline, versus una organización que tiene en su estructura un negocio online. Por ejemplo, en el primer caso existen esfuerzos dispersos con poca sinergia entre el negocio online y el offline. Ambos factores, son típicos de aquellas empresas con negocio offline que inician esfuerzos de e-commerce y/o aquellos en los que la prioridad estratégica del e-commerce es baja.

En el caso de una organización con negocio online, se observa lo contrario, es decir una mayor integración dentro de la organización. En este tipo de organización, el e-commerce juega un papel tanto o más importante que el negocio offline.

Si una organización con negocio offline decide comenzar o incorporar una unidad de negocios de e-commerce, las acciones tienen como resultados: áreas dedicadas al 100% al e-commerce creando una unidad de negocio independiente. Si bien se mantiene cierta independencia de gestión entre las áreas del negocio offline y el online, de igual modo se buscan sinergias en diversos aspectos. Finalmente, el comercio electrónico en la organización juega un papel tanto o más importante que el negocio offline.

En el caso de un negocio dedicado al e-commerce, su organización se divide por áreas y/o funciones claves incluyendo: fullfilment, marketing, estrategia, finanzas, tecnología de información (TI), etcétera. A esto se suma el modelo de start-ups, enfocadas en el comercio electrónico y que van integrando personal y desarrollando áreas conforme el negocio crece.

Si bien existen otros factores que inciden en la organización de un negocio e-commerce, la madurez del negocio en línea, la coexistencia de canales físicos y la prioridad estratégica en el contexto de toda la empresa, son los factores más comunes a la hora de definir los modelos de organización de comercio electrónico.